Die Pinguine Skipper, Kowalski, Rico und Private dringen in Fort Knox ein. Im dortigen Aufenthaltsraum für das Personal gibt es die letzten Käseflips, und die anderen Pinguine wollen Private einige davon zum Geburtstag spendieren. Bei dem Unterfangen werden sie allerdings vom gefährlichen Bösewicht Dr. Octavius Brine gefangengenommen. Sie stellen in seinem Versteck fest, dass er in Wirklichkeit ein verkleideter Krake namens Dave ist. Er ist verbittert, weil in jedem Zoo die Pinguine die Publikumslieblinge sind und sich niemand für ihn, den Kraken, mehr interessierte. Dafür sagte er den Pinguinen den Krieg an.

Sie können jedoch fliehen und werden auf der Flucht von der – ziemlich chaotischen – Geheimorganisation „Nordwind“ gerettet, die aus einem Husky, einem Eisbären, einem Robbenbaby und einer Schneeeule besteht. Und wieder scheint es so, als müsse die Welt letztlich durch die Pinguine aus Madagascar gerettet werden…

Der Kinofilm basiert auf der gleichnamigen Fernsehserie, bei der es sich allerdings wiederum um einen Ableger der Madagascar-Filmreihe handelt. Die Handlung spielt nach den Ereignissen des dritten Teiles „Madagascar 3 – Flucht durch Europa“.
Quellen: Verleihinfo