Wer hat sich nicht schon einmal einen Onkel gewünscht, der in einem Magischen Haus wohnt und nebenbei auch noch ein Zauberer ist? So ergeht es auch Lewis, der nach dem tragischen Tod seiner Eltern zu seinem Onkel ziehen muss. Lewis erwartet alles nur nicht einen verrückten Mann, der zusammen mit einer geheimnisvollen alten Lady in einem Haus lebt, welches, so scheint es zumindest Lewis , ein Eigenleben hat und sich ständig zu verändern scheint. Doch als nachts seine, eigentlich tote Mutter an seinem Bett auftaucht und ihn dazu drängt, das größte Geheimnis des Hauses aufzudecken wird Lewis misstrauisch und plötzlich erscheint ihn sein lustiger Onkel gar nicht mehr so nett wie es zu Anfang den Anschein hatte. Er schleicht Nachts durch das ganze Haus, während er mit sich selbst spricht. Lewis, dem es in seiner neuen Schule sehr schwer fällt sich zu integrieren, bringt durch seinen missglückten Versuch seinen neuen Freund zu beeindrucken die ganze Familie in Gefahr. Jetzt muss sich diese bunte Familie zusammen reißen um der aufkommenden Gefahr entgegen zu sehen und sich gegenseitig im Kampf gegen das magische Haus, welches sich nun gegen sie wendet, zu unterstützen. Kann Lewis seine Fehler wieder gut machen?
Das Haus der geheimnisvollen Uhren ist ein Film, der mit einer spannenden Geschichte und atemberaubenden Specialeffects beeindruckt.